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よみ：あれるげん
アレルギー疾患を引き起こす原因物質。アレルギー疾患は、抗体（免疫性を与える物質）が特定の抗原（抗体を作らせる物質）に過敏に反応することによって生じる。通常は無害な物質に対するこの特異な免疫反応がアレルギー（allergy）反応で、それを引き起こす抗原がアレルゲン（allergen）である。アレルゲンのほとんどはタンパク質で、空気中の粒子に付着していることが多い。
主なアレルゲンは、塵、ダニ、動物のフケ、花粉、カビ類である。また、食品アレルギーでは、鶏卵・牛乳・小麦などもアレルゲンになる。
なお、アレルギー疾患の発症には、遺伝因子、環境因子、部位特異的な因子が複雑に関与しているとされ、予防法が十分に確立しているとは言い難い。また、アレルギー疾患、シックハウス症候群、化学物質過敏症は、それぞれ異なる概念である。